Berdasarkan surat dari Direktorat Jenderal Pendidikan Menengah Nomor  776/D2/DM/2013 tentang Penerimaan Peserta Didik Baru SMA Tahun 2013, diantaranya menyatakan bahwa Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB) pada satuan pendidikan perlu mempertimbangkan:

Seleksi calon peserta didik baru kelas X (sepuluh) SMA dilakukan berdasarkan data SKHUN atau Nilai Akhir pada Program Paket B, nilai raport sekolah/madrasah, hasil test akademik seleksi PPDB, data bakat olah raga, bakat seni, prestasi di bidang akademik, dan prestasi lain yang diakui sekolah/madrasah, dan usia calon peserta didik baru.

  1. Seleksi calon peserta didik di setiap satuan pendidikan hendaknya tidak hanya berdasarkan prestasi, tetapi juga pemerataan, pembukaan akses seluas-luasnya bagi masyarakat sekitar; maka dalam proses pendaftaran (PPDB) siswa diberi peluang memilih 2 sekolah, salah satu sekolah berada di wilayah asal SMP/MTs atau jarak tempat tinggal ke sekolah terdekat.
  2. Proses peminatan siswa akan dilakukan pada kelas X (sepuluh) semester pertama sehingga satuan pendidikan wajib secara proaktif melakukan sosialisasi dan penelusuran potensi akademik dan non akademik pada tingkatan kelas/sekolah sebelumnya.
  3. Dalam proses peminatan perlu mempertimbangkan kemampuan peserta didik dan kapasitas sekolah (sarana, SDM, dan lain-lain).

Secara substansi menunjukkan bahwa pada  PPDB 2013 untuk SMA terdapat perbedaan yang cukup signifikan dibandingkan pada PPDB sebelumnya disebabkan karena begitu hendak masuk di kelas X, calon peserta didik sudah dihadapkan pada pilihan peminatan. Konsekuensi umum yang terjadi di masyarakat adalah bahwa mereka mengalami kebingungan dan kecenderungan memilih pada salah satu peminatan favorit ( misalnya peminatan IPA dan Matematika ) yang fleksibel untuk dapat meneruskan ke perguruan tinggi.

Banyak  sekolah Negeri yang saat ini mengalami kebingungan dalam menentukan mekanisme PPDB 2013 karena umunya anak-anak yang masuk di SMA Negeri sudah memiliki bekal nilai yang cukup tinggi. Di Yogyakarta dan beberapa daerah lain yang sudah menerapkan PPDB On Line menunjukkan bahwa rata-rata sekolah negeri menjadi favorit di masyarakat. Dengan demikian perlu banyak pertimbangan dalam implementasinya di lapangan, misalnya :

  1. Rata – rata minat Peserta didik di SMA Negeri di perkotaan adalah program IPA, sehingga sangat dimungkinkan terjadi dilema dalam penempatan siswa kelas X. Ada kemungkinan peserta didik mengundurkan diri dari satuan pendidikan karena ternyata tidak masuk pada peminatan yang diinginkan dan pindah ke sekolah lain serta menimbulkan permasalahan tersendiri antara masyarakat dan sekolah
  2. Untuk melakukan penelusuran minat dan bakat sangat penting dilakukan tes potensi akademik sebelum calon Peserta Didik di masukkan dalam peminatan tertentu dan ini umumnya dapat dilakukan oleh satuan pendidikan. Dalam pelaksanaanya, proses ini sangat rawan terhadap interfensi pihak-pihak lain serta dapat membuka kerawanan terhadap validitas hasil akibat akibat ketidak profesionalan pelaksanaan dan abai hukum. Selain itu perlu pembiayaan tambahan yang dapat membebani sekolah.
  3. Sistem Penerimaan Mahasiswa di Perguruan Tinggi sampai saat ini masih memungkinankan semua program bias mendaftar di Perguruan Tinggi, misalnya siswa lulusan program IPA dapat mendaftar di fakultas Bahasa, ekonomi maupun lainnya yang seharusnya diperuntukkan bagi lulusan SMA yang sesuai program. Hal ini menyebabkan pengkondisian bahwa siswa cenderung ingin masuk IPA karena akses masuk perguruan tinggi lebih banyak dibandingkan program lainnya. Akibat yang timbul menyebabkan bahwa dalam PPDB di SMA yang dianggap favorit, akan didominasi siswa yang relative di atas rata-rata yang memiliki kecenderungan ingin masuk ke pemintanan tertentu, sedangkan di SMA tidak  hanya membuka 1 peminatan karena pertimbangan ketersediaan pendidik.